细化学术不端标准。治理学术不端，首先要明确什么是学术不端，并依据不同学科的特殊性，细化学术不端标准，以此作为查处学术不端的依据。早在2006年科技部就发布了《国家科技计划实施中科研不端行为处理办法（试行）》，将科技类学术不端定义为：提供虚假信息、抄袭、剽窃等，还包括涉及人体的研究中违反知情权以及违反实验动物保护规定的内容。2009年教育部专门发布《关于严肃处理高等学校学术不端行为的通知》，进一步细化学术不端标准，即抄袭、剽窃、侵吞他人学术成果；篡改他人学术成果；伪造或者篡改数据、文献，捏造事实；伪造注释；未参加创作，在他人学术成果上署名;未经他人许可，不当使用他人署名等。学术不端标准的不断细化为建立健全学术反腐制度保障体系打下坚实基础。
自上而下设立专门机构，形成学术反腐的制度体系。治理学术腐败应形成举报有门、核查有序、惩处有则的工作机制。譬如，美国联邦政府通过设立自上而下的“科研道德建设办公室”治理学术不端。目前我国也已走上治理学术不端的制度化之路。2009年10月，教育部设立学风建设协调小组，下设社科和科技两类学风建设办公室。2012年，教育部刚刚出台的《关于切实加强和改进高等学校学风建设的实施意见》（以下简称《意见》），明确提出学风建设办公室主要负责指导检查高校学风建设工作，接受对学术不端行为的举报，指导协调和督促调查处理。各高校作为责任主体，由校学术委员会或学风委员会组成专家组，从学术角度开展独立调查取证，并依据调查结果，根据情节严重程度予以惩处。这种自上而下建立起来的制度保障体系，更有利于将学术反腐落到实处。
创新科研评价制度。学术是社会公器，它所造成的影响是无法预见的，因此，与其治理学术腐败，不如从防止学术腐败入手。良好的科研评价能够有效减少学术不端行为发生的机会。譬如，英国、德国大学和科研机构都通过创新科研评价制度，避免导致学术浮躁、急功近利等政策因素。我国对于创新科研管理与评价，《教育规划纲要》提出“完善以创新和质量为导向的科研评价机制”这将有助于实现“克服学术浮躁，查处学术不端行为”。2011年教育部发布的《高等学校教师职业道德规范》中，将“严谨治学”的科研态度作为师德规范六条之一，强调“秉持学术良知，恪守学术规范；尊重他人劳动和学术成果，维护学术自由和学术尊严；诚实守信，力戒浮躁。”并通过将科研诚信与绩效评价、聘任（聘用）和评优奖励直接挂钩，防止学术腐败。2012年出台的《意见》也着重强调“避免急功近利和短期行为，防止片面量化的倾向，防止片面将学术成果、学术奖励和物质报酬、职务晋升挂钩的倾向”。可以说，创新科研评价制度，也已经成为我国防止学术腐败的政策导向。
